1 - Pare o serviço do Mysql (prompt de comando: net stop mysql56)

2 - Vá até a pasta (pelo explorer): C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6

3 - Edite o arquivo my.ini e procure a entrada [mysqld] (observe que é no bloco mysqld e NÃO mysql)

[mysqld]

# The next three options are mutually exclusive to SERVER_PORT below.

Achou o bloco acima? insira o seguinte: skip-grant-tables

VAI FICAR ASSIM:

[mysqld]
skip-grant-tables
# The next three options are mutually exclusive to SERVER_PORT below.

4 - inicie o serviço do Mysql (prompt de comando: net start mysql56)

5 - no prompt de comando, vá até a pasta de instalação do mysql, como exemplo:
cd \Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin

6 - digite:
mysql -u root (dê enter)
7 - digite:
UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('novasenha') WHERE User='root'; (dê enter)

8 - pare o mysql, remova a linha "skip-grant-tables" do my.ini e inicie novamente o mysql.
9 - pode entrar com a senha escolhida, no caso: novasenha

Até mais! Paulo Bravin.