Se o windows estiver demorando muito na inicialização, as vezes 20 minutos ou mais, mesmo parando serviços, verifique se no boot ele não está passando um checkdisk "escondido". Abra o regedit e procure a chave:

Computador\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager

CLIQUE DUAS VEZES SOBRE A CHAVE "Boot Execute"

Limpe seu conteúdo, deixando-a em branco e Dê OK.

Reinicie o computador.