Geralmente isso ocorre devido a uma tentativa de extração que ocorreu anteriormente.

Existe um programa para eliminação antes de nova extração: lfp/lf0307.r

Deve parametrizar conforme sua necessídade:

parametrizar código da empresa
se a duplicação percebida foi no diário geral parametrizar  o módulo informar FGL
se ocorre para os auxiliares,  informar sigla dos módulos em que ocorre o problema 

Em parâmetro selecionar as tabelas

Depois dessa eliminação, fazer nova extração e geração do seu arquivo.